Bei der Durchführung des Audits können eine Vielzahl von Problemen auftreten, wie menschliche Gewohnheiten, Zeitmangel oder eine schlechte Innovationskultur.
Als Gründe werden unter anderen Zeitmangel, Annahme eines geringen Infektionsrisikos und Selbstversorgung sowie Bagatellisierung aus Angst vor Stigmatisierung oder beruflichen Konsequenzen genannt.