Une succession de reproduction consanguine engendre une perte de la variation génétique, une augmentation de l'homozygotie et l'expression d'allèles récessives délétères en raison de l'homozygotie.
Il est surtout utilisée en immunologie de laboratoire, pour transférer l'immunité entre souches de souris de laboratoire "congéniques" ou délibérément consanguines et donc histocompatibles.
Le maïs doux s'est avéré être plus sensible que les autres variétés de maïs, bien que certains hybrides et lignées consanguines sont également très sensibles.
Elle intervient dans le cadre de maladies héréditaires et génétiques, de suspicions de maladies consanguines, fournis les informations indispensables lors d’une nécessité de greffe.
L'utilisation de souches consanguines est également importante pour les études génétiques sur des modèles animaux, par exemple pour distinguer les effets génétiques des effets environnementaux.
