-terminalen DNA-Fragmente vervielfältigt.
Mithilfe einer zweidimensionalen DNA-Gelelektrophorese werden die so angereicherten cDNAs nach folgenden Kriterien aufgetrennt:
In der ersten Dimension im nicht-denaturierenden Polyacrylamidgel nach dem Molekulargewicht und in der zweiten Dimension nach GC-Gehalt, wobei das Gel hierfür einen kontinuierlich zunehmenden Denaturierungsgradienten aufweist.
www.igb.fraunhofer.de-terminal DNA-fragments selectively amplified by PCR.
These enriched cDNA fragments are separated subsequently by two-dimensional gel electrophoresis following two different criteria:
in the first dimension using non-denaturing polyacrylamide gel electrophoresis according to molecular weight and in the second dimension corresponding to their GC-content, by use of denaturing gradient gel electrophoresis.
www.igb.fraunhofer.deIm Gel erhält man so ein komplexes Muster so genannter Spots, die durch Färbung mit Fluoreszenzfarbstoffen sichtbar werden.
»Vergleicht man die Spotmuster zweier unterschiedlicher Proben desselben Organismus, lassen sich unterschiedlich stark exprimierte cDNAs und damit diejenigen Gene ermitteln, die differenziell transkribiert werden«, erklärt Dr. Kai Sohn, Projektleiter am Fraunhofer IGB.
www.igb.fraunhofer.deThe complex spot patterns thus obtained can be visualized using fluorescent dyes such as for example SYBR Gold.
"By comparing the spot patterns of two distinct samples of the same organism, we can identify differentially expressed cDNAs and thus those genes which are differentially transcribed", explains Dr. Kai Sohn, project manager at Fraunhofer IGB.
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